提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
日本华侨华人关注中共二十大 称底气更足、信心更强******
中新网10月18日电 据日本《东方新报》报道,10月16日,中国共产党第二十次全国代表大会在北京开幕,引起海内外侨界广泛热议。全日本华侨华人社团联合会组织在日华侨华人观看中共二十大开幕式,学习二十大报告,侨领们纷纷发表感言。
日本吉林总商会会长庄旭表示,二十大报告中提到,促进世界和平与发展,推动构建人类命运共同体。我们在海外深刻感受到中国坚定奉行互利共赢的开放战略,不断以中国新发展为世界提供新机遇,推动建设开放型世界经济,更好惠及各国人民。我们海外华侨华人要贡献才智和力量,为祖(籍)国的高质量经济发展和高水平对外开放发挥好桥梁作用。
日本泉州商会会长王秀德说,回顾家乡福建这十年来,不仅成功脱贫攻坚,经济实现三个大跨越,而且在绿水青山的生态工程改造中成绩斐然。我们海外侨胞始终坚持与祖(籍)国、与时代同频共振,为国家繁荣富强,为实现中华民族的伟大复兴,锐意进取、努力奋斗。
日本徽商协会名誉会长张书明表示,中共二十大报告中提到,坚决维护中国公民在海外的合法权益。这让我们华侨华人感受到有祖(籍)国做我们强大的后盾,心里更踏实,底气更足!我们华侨华人要始终致力于凝聚侨心、侨力、侨智,促进中日交流,做增进中日友谊的使者,共创中国良好的国际形象。
一般社团法人日本国际教育机构评议会理事长、暨南大学日本学院日方代表陈秀姐表示,中共二十大报告中强调推动中华文化更好地走向世界。作为一名海外教育工作者,我深知推进华文教育的发展对华侨华人群体的重要性。今后将更加积极地投身到海外华文教育事业中,大力协助国内高校走向海外,让更多的华裔子弟能够有机会接受华文教育,把博大精深的中华文化传播到五湖四海。
黄檗文化促促进会理事长陈熹表示,将继续以侨为桥,积极开展中日黄檗文化交流活动,增进中日民间友好交往。不断践行中华文化自信,增强中华文明传播力和影响力,展现可信、可爱、可敬的中国形象。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)